Essa Igreja foi fundada no século 16 pelos jesuítas, junto com a aldeia de São João,
na segunda metade do século 16. Em 1608, foi criada a Paróquia de Santo Amaro de
Ypitanga.
Acredita-se que o templo atual foi construído na segunda metade do século 17, com algumas alterações posteriores. Tem estrutura de paredes de alvenaria mista de pedra e tijolo, que sustentam tesouras de madeira do telhado. Possui duas capelas laterais. Na imaginária, merecem destaque as esculturas do Senhor Morto e de Nossa Senhora das Dores. Os azulejos que revestem parte do interior são do século 18. O conjunto arquitetônico foi tombado pelo Iphan, em 1944.
A festa do padroeiro ocorre em 15 de janeiro, conta com procissão e outros eventos culturais.
Fica na Praça da Matriz, em Lauro de Freitas.
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