A Igreja de Nossa Senhora da Conceição da Praia foi mandada construir por Thomé de Sousa logo após sua chegada na Bahia, em 29 de março de 1549. A imagem de N. Sra. da Conceição foi retirada da nau capitânia do governador, também dedicada a Nossa Senhora da Conceição.
Ao lado da Igreja, Thomé de Sousa mandou construir a Ladeira da Conceição, para acesso às obras da Cidadela, na parte alta.
No mês de abril, os jesuítas começaram a construir a Igreja da Ajuda, dentro da Cidadela. No território da Salvador atual já existiam outras igrejas, como a da Vitória a da Graça. A Igreja da Ajuda foi a matriz da paróquia de Salvador, em 1549.
Em 1623, foi criada a paróquia de N. S. da Conceição da Praia, a segunda da Cidade do Salvador. Nessa época, houve uma ampliação do templo.
Parte desse templo ainda existe no interior da atual Igreja, como descobriu o professor Sodré Martins (estudo publicado em Nossa Senhora da Conceição da Igreja da Praia, 1765 / Construção ou ampliação? - 1985). Veja imagens da antiga capela da Conceição da Praia ►
A construção do templo atual, foi iniciada em 1736 e tem grande mérito arquitetônico. O projeto é atribuído a Manuel Cardoso de Saldanha. O edifício já estava bastante adiantado em 1758, ainda sem as torres, como mostra o Prospecto de Caldas. A nova igreja foi inaugurada em 1765, incompleta. Em 1801, Vilhena mostra que já existia uma das torres. Outra ilustração de 1810 mostra que as duas torres já existiam. O novo templo foi considerado concluído em 1820. Em 1832, Augustus Earle, que chegou junto com a expedição de Charles Darwin, fez uma das mais belas ilustrações de Salvador do século 19, em que se vê as majestosas torres dessa Igreja.
A igreja foi pré-fabricada em Portugal. As pedras de cantaria
vieram numeradas. Possui dois corpos
laterais, um deles conduz a um pátio com chafariz. Tem nave oitavada com capelas laterais,
corredores com tribunas e azulejos portugueses.
Abriga imenso patrimônio artístico, em especial, a pintura do teto, em estilo ilusionista, de J. Joaquim da Rocha (1772-3). A imagem de N.S. da Conceição é do artista Domingos Pereira Baião (1855). O belo retábulo do altar-mor é de João Moreira do Espírito Santo, de 1765 a 1773.
Em 1946, a Igreja foi elevada à categoria de basílica menor. Nossa Sra. da Conceição é a padroeira da Bahia. Irmã Dulce foi sepultada nessa Igreja.
